Le Tribunal administratif fédéral se divise en six cours qui traitent les affaires selon les domaines juridiques concernés. La répartition des affaires est réglée dans l'annexe du Règlement du Tribunal administratif fédéral (RTAF).
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Cour I
Sont du ressort de la Cour I les contentieux ayant trait à la responsabilité de l’Etat, aux actions récursoires, au personnel de la Confédération et à la protection des données.
C’est elle aussi qui sera saisie des recours intéressant les écoles polytechniques fédérales, la gymnastique et les sports, les affaires militaires, la protection de la population, la protection civile et le matériel de guerre. En matière de contributions publiques, il faut citer les domaines de la douane, des impôts et de l’alcool. A cette liste s’ajoutent, pêle-mêle, les questions de protection de la nature et du patrimoine national, de sentiers et chemins pédestres, d’aménagement du territoire, d’expropriations, de projets d’infrastructure, de droit d’usage des eaux, de routes nationales, d’énergie, de circulation et de transport, de protection de l’environnement et des eaux, de services postaux et de télécommunications, de services radiophoniques et télévisuels, d’exploitation forestière et de droits de chasse.
La Cour I s’occupe également des procédures d’autorisation au sens de la loi fédérale sur le renseignement (LRens). La Cour I ne statue en général pas en dernier ressort: ses arrêts sont donc susceptibles de recours devant le Tribunal fédéral.
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Cour II
La Cour II traite essentiellement les affaires portant sur des questions économiques, de concurrence et de formation. Elle se subdivise en huit domaines:
Domaine 1 - Droit des cartels et surveillance des prix
Domaine 2 - Marchés publics
Domaine 3 - Registre du commerce et droit des raisons de commerce
- Propriété intellectuelle
- Appellations d'origine protégées
Domaine 4 - Agriculture
- Protection des animaux
- Epizooties
- Protection des espèces
Domaine 5 - Approvisionnement économique du pays
- Produits de construction
- Contrôle des métaux précieux
- Commerce extérieur / GRE / loi sur les embargos
- Affaires qui ne sont pas attribuées à un autre domaine (notamment le service civil)
Domaine 6 - Sociétés de capital-risque
- Banque nationale
- Surveillance des établissements de crédit et des bourses
- Blanchiment d'argent
- Surveillance des assurances privées
- Assistance administrative
- Surveillance de la révision
Domaine 7 - Formation / examens
- Législation sur le travail
- Assurance-chômage
Domaine 8 - Subventions / aides / contributions (sauf agriculture)
- Maisons de jeu
- Jeux de hasard
- Surveillance des fondations
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Cour III
La Cour III a pour domaine de compétence principal les assurances sociales et la santé publique.
Il s'agit là principalement des affaires relevant de l'assurance-invalidité et de l'assurance vieillesse et survivants pour les personnes domiciliées à l'étranger, mais aussi de questions spécifiques concernant la prévoyance professionnelle (p. ex. liquidations partielles d'institutions de prévoyance), l'assurance-maladie (p.ex. planifications hospitalières ou questions liées aux tarifs), l'assurance-accident (p. ex. assujettissement d'entreprises), les produits thérapeutiques (p. ex. autorisation d'un médicament), etc.
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Cour IV
La Cour IV statue sur les affaires relevant du domaine de l’asile.
La quatrième Cour – tout comme la cinquième - connaît en particulier des recours interjetés contre les décisions du Secrétariat d’Etat aux migrations (SEM), à savoir les décisions de non-entrée sur une demande d’asile, les décisions de rejet d’une demande et celles portant renvoi et exécution d’un renvoi. Sont également de son ressort les recours exercés contre la levée de l’admission provisoire - prononcée dans le cadre d’une procédure d’asile - et ceux introduits contre une décision de refus provisoire d’entrée en Suisse et d’assignation à l’aéroport. En outre, la Cour IV est compétente pour examiner les décisions portant refus ou révocation de la protection provisoire.
À la différence des autres cours du Tribunal administratif fédéral, les quatrième et cinquième Cours statuent en dernier ressort; leurs décisions ne sont dès lors pas susceptibles d’être portées devant le Tribunal fédéral.
Autre particularité de la loi sur l’asile: selon les circonstances, les décisions matérielles peuvent être rendues à juge unique avec l’approbation d’un second juge.
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Cour V
La Cour V connaît des recours en matière de droit d’asile.
La cinquième Cour– à l’instar de la quatrième - connaît des recours exercés par les requérants d’asile déboutés par le Secrétariat d’Etat aux migrations (SEM) ou frappés d’une décision de non-entrée en matière ou de renvoi. Sont également de son ressort, les procédures engagées contre des décisions portant refus provisoire de l’entrée en Suisse et assignation d’un lieu de séjour à l’aéroport, attribution du requérant à un canton, refus du regroupement familial, révocation de l’asile, levée de l’admission provisoire ordonnée dans le cadre d’une procédure d’asile ou encore mise en détention en vue du renvoi ou de l’expulsion.
Une particularité qui résulte de la loi sur l’asile est qu'un juge unique peut statuer sur le fond dans certains cas. Enfin, les Cours IV et V statuent en dernier recours, c’est-à-dire que leurs arrêts ne sont pas susceptibles de recours devant le Tribunal fédéral.
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Cour VI
La sixième cour est en charge des affaires relevant du droit des étrangers et du droit de cité.
Cela inclut notamment l'entrée en Suisse, l'éloignement, le séjour, l'admission provisoire et les documents d'identité. La Cour VI connaît en outre des affaires intéressant la reconnaissance de l'apatridie, les mesures policières de lutte contre le terrorisme, l'aide sociale pour les Suisses et Suissesses de l'étranger ainsi que certains aspects du droit d'asile (p. ex. gestion des centres d'enregistrement, attribution des requérants d'asile aux cantons, frais d'asile).