La présidence du tribunal est élue par l’Assemblée fédérale, sur proposition de la Cour plénière. Le mandat est de deux ans, et ses membres peuvent être reconduits une fois dans la même fonction. Représentant le tribunal à l’extérieur, le/la président/e exerce également la présidence de la Cour plénière et de la Commission administrative.
Pour l'année 2025, l'Assemblée fédérale (Chambres réunies) a élu Claudia Cotting-Schalch comme présidente et Contessina Theis comme vice-présidente du Tribunal administratif fédéral.
