Auf Vorschlag des Gesamtgerichts wählt die Bundesversammlung das Präsidium des Gerichts. Die Wahl erfolgt jeweils für zwei Jahre. Die einmalige Wiederwahl in die jeweilige Funktion ist zulässig. Der Präsident/die Präsidentin führt den Vorsitz im Gesamtgericht und in der Verwaltungskommission. Er/sie vertritt das Gericht nach aussen.
Für das Jahr 2025 hat die Vereinigte Bundesversammlung Claudia Cotting-Schalch als Präsidentin sowie Contessina Theis als Vizepräsidentin des Bundesverwaltungsgerichts gewählt.
